Helemaal zeker is het niet, maar we denken dat de keeshond van de turfhonden. Turfhonden is de benaming voor prehistorische spitsen waarvan de fossiele resten zijn teruggevonden op verschillende plaatsen in Europa. Op diverse afbeeldingen op oude Griekse vazen zijn ook afbeeldingen van keeshonden terug gevonden, hoewel dat tegenstrijdig is met de veronderstelde noordelijke afkomst van het ras.
Een middeleeuws zegel van de stad Amsterdam toont een keesachtige hond aan boord van een schip, maar in het algemeen zijn oude afbeeldingen van keeshonden schaars. Dit heeft te maken met de lage sociale status van de keeshond, vergeleken met de jachthonden van de adel die een veel hoger aanzien hebben. Toch zijn er ook bekenden eigenaren van het ras bekend, Luther en Mozart zijn naar verluid eigenaar geweest van een keeshond. In de 18e eeuw werd de grote kees in Engeland geïntroduceerd onder de naam "pomeranian". De naam Pomeranian verwijst naar de Duitse streek Pommeren in het oosten van Duitsland, tegen de oostzee en de poolse grens aan. Met name de witte keeshonden komen we vaak tegen op oude afbeeldingen.
In de 18de eeuw werd het ras in de 18e eeuw het symbool van de Patriotten in Nederland. De Orangistische tegenstanders hadden toen de mopshond als symbool. Een van de theorien is dat de naam Keeshond afgeleid is van de naam van de patriot Cornelis (Kees) de Gijselaar. Het woord "kees" werd al ruim daarvoor gebruikt als scheldwoord, dus het kan ook zijn dat de keeshond daar zijn naam aan dankt. In ieder geval werden de Patriotten ook als Kezen betiteld.
Keeshonden werden vroeger in Nederland en Duitsland gebruikt als waakhond, soms ook aan boord van schepen. De Kees van toen was iets kleiner dan de grote kees zoals we die nu kennen. Dergelijke standaard keeshonden werden eind 19e eeuw ingeschreven op de eerste hondenshows. Het fokken van de kleine keeshond begon al eerder in de 19e eeuw, de Engelse koningin Victoria importeerde kleine keeshonden uit Italië. Rond 1900 was de kleine kees enige tijd een modehond. In 1924 werd de Nederlandse Keeshonden Club (NKC) opgericht.
In de jaren 1920 begon men in Engeland ook weer met de grote keeshonden te fokken, waarbij uit Nederland geïmporteerde wolfsgrijze exemplaren een belangrijke rol speelden. Het is deze import vanuit Nederland die er voor zorgde dat de wolfsgrijze kees in Engeland als Keeshond wordt aangeduid. Naast de dwergkees is de wolfsgrijze kees nog steeds de enige variant van Keeshonden die in Engeland en Amerika erkend is. De populaire wolfskees wordt er vaak gezien als een authentiek Nederlands ras.
De middenslag keeshond is uit de kleine kees gefokt en werd in 1970 door de FCI erkend. Vier jaar later werd ook de dwergkees erkend door de FCI. Dit in navolging van de in Amerika populaire en steeds verder verdwergende pomeranian. De wolfsgrijze keeshond kreeg in de FCI-landen eveneens een aparte plaats naast de grote kees om te voorkomen dat de liefhebbers van de Anglo-Amerikaanse keeshond in Europa een eigen ras zouden gaan vormen.
Tegenwoordig zijn de dwergkeeshond en de wolfskees in behoorlijke aantallen op hondenshows vertegenwoordigd, daarnaast is er nog wel eens een witte standaard keeshond te zien en een enkele kleine of middenslag keeshond in wit of oranje. De overige variëteiten van het ras zijn zeldzame verschijningen. De bruine grote keeshond is waarschijnlijk uitgestorven, met de zwarte is het niet veel beter gesteld. Deze dieren staan in Duitsland op een rode lijst van bedreigde huisdiersoorten.