De stikstofbalans is de verhouding tussen de opgenomen stikstof en uitgescheiden stikstof.
Een negatieve stikstofbalans wil zeggen dat er minder stikstof in het voer zit dan dat er wordt uitgescheiden. Stikstoffen worden gehaald uit eiwitwitten en aminozuren, bij te weinig stikstof in het voer zit er dus te weinig eiwit in. Bij te weinig stikstof gaat het lichaam kiezen welke soort eiwitten er aangemaakt moeten worden: functionele of structurele eiwitten. Het lichaam van de hond zal dan altijd kiezen voor de functionele eiwitten. Functionele eiwitten zijn enzymen en hormonen. Deze zullen altijd aangemaakt worden. De structurele eiwitten zijn nodig voor onder andere de aanmaak van celmembranen, spierweefsel etc. Bij een tekort aan structurele eiwitten zal de hond vermageren en gaat het herstellend vermogen van het lichaam achteruit.
Een positieve stikstofbalans is net zo schadelijk. Er zit dan teveel stikstof in het voer. Door de overdaad aan stikstof gaat het lichaam hier anders mee on. Dit veroorzaakt een extra belasting voor de nieren en de lever door desaminering. Desaminering is een proces waarbij overtollige aminozuren worden afgebroken in de lever. Bij de aminozuren wordt de aminegroep (-NH2) afgesplitst en omgezet tot ammoniak. Het restant van het aminozuur dat overblijft na de desaminering wordt omgezet tot andere stoffen die in de citroenzuurcyclus worden gedissimileerd. Het restant kan ook worden gebruikt voor de vorming van glucose of voor de vorming van lipiden.
Puppies hebben dan weer wel meer eiwitten nodig dan volwassen honden vanwege de groei van de pup.
Bij eiwitten gaat het niet om de hoeveelheid, maar om de kwaliteit. Voer met een hogere biologische waarde kan volstaan met een lager percentage eiwitten dan voer met een lage biologische waarde. Het gebrek aan kwaliteit moet bij het voer met een lage biologische waarde gecompenseerd worden door een grotere hoeveelheid. Biologische waarde noemen we ook wel eiwitbenutting.